野心家白赖仁（李子雄 饰）为了实现控制人类的梦想，派出手下甲贺忍者领袖虎大介追杀菊池博士，成功抢走了他身上的“赤盒”——一个收藏着菊池发明，可以抵抗任何病毒的药苗“人类”之小盒子！
菊池死后，白赖仁才发现世上只有一个叫高比（黄子华 饰）的潦倒音乐家才拥有打开“赤盒”之能力，遂派虎大介生擒高比，另一方面，菊池徒弟伊贺女忍者香也发誓要完成师傅遗愿---“杀高比”，而另一边，伊贺派芭蕉先生却派爱徒小灵（黄圣依 饰）保护高比，免落入坏人手上。
三路人马碰头，展开龙争虎斗，高比夹在当中，叫苦不已。最后小灵趁着虎大介对香手下留情的刹那机会，带着二人杀出重围，逃回雾隐村。原来香和虎大介是青梅竹马恋人，碍于门派斗争，有情人难成眷属。香唯有暂在芭蕉家养伤。
芭蕉决定冒险潜入白赖仁总部盗取“赤盒”，谁料中了反间之计，连累村民惨遭大屠杀，最后死在虎大介手上。结果高比挺身而出，大呼若不停止杀人，便自刎当场。高比被押回白赖仁总部，竟无意中以一曲将“赤盒”成功打开，原来当日菊池被此曲吸引，遂以此作为钥匙。
小灵、香杀进白赖仁总部，一场激战之后，尽杀白赖仁及其党羽，救出高比及夺回“赤盒”，而二女也运用易容术互调身份之苦肉计，令虎大介上当---当他惊觉伤在自己手上的竟是香时，即被香以剩余之最后一口气用刀刺入自己身体……但香眼中亦同时流下两行情泪……
